本紫外线消毒系统的机械自动清洗系统，可在系统正常运行时在线清洗，不影响消毒效果。通过配置机械自动清洗系统可减少手动清洗的次数，延长系统正常运行时间，并能减少人工投入降低运行成本。由空压机推动气缸通过拖杆带动套管清洗拖架往复运动以达到刷洗石英套管外表面附着的污物的目的，确保不会减低紫外光强度传送及保证连续灭菌功能。
(1)机械自动清洗的驱动采用气动驱动方式。
a、水动元件： 该系统气动元件选用高品质的水动元件，气缸选用低摩擦，高防腐等级，气缸活塞杆选用不锈钢材料，气缸运行平衡可靠。
b、气缸导向系统：气缸运行导向杆，采用不锈钢材料，导套材料选用以特氟珑为主要材料的高聚合物，免润滑，不怕赃物侵入，免维护，运行可靠性高。
c、气缸运行压力：水缸最低运行压力为2.5kgf／cm2，系统管路压力调在4kg／cm2～6kg／cm2左右。
(2)清洗圈为耐紫外线橡胶。
(3)清洗频率在10次～500次／周现场调节，自动清洗人工控制可实现微电脑时间控制系统实现。
(4)整个清洗支架为304不锈钢金属支架。